Le projet Stacks a été initié en 2017 par Muneeb Ali, qui venait de terminer son doctorat. Sa thèse a jeté les bases de la couche Stacks pour Bitcoin. Le premier livre blanc a été publié la même année, et le projet a recueilli un soutien substantiel. Avant cela, l'équipe initiale avait construit des protocoles et des applications sur Bitcoin avant de commencer à travailler sur Stacks. En 2019, Stacks a réalisé la première offre de tokens qualifiée par la SEC pour le grand public, y compris les États-Unis. De 2018 à 2020, l'équipe s'est concentrée sur la construction de l'infrastructure Stacks, qui est une couche de programmation pour Bitcoin. La cryptomonnaie Stacks a une offre prédéfinie qui devrait atteindre environ 1,818 million de STX.