Horizen fonctionne à travers un réseau de blockchains alimenté par le protocole Zendoo, qui utilise la vérification SNARK pour permettre l'interopérabilité des blockchains. Cela permet une flexibilité dans le type de chaîne latérale, le consensus, la vitesse et la confidentialité. Le réseau a la capacité de supporter jusqu'à 10 000 chaînes latérales, chacune capable de gérer jusqu'à 1 000 TPS. Les développeurs peuvent déployer leurs blockchains au sein de l'écosystème en utilisant des SDK comme Blaze et Latus, qui sont basés sur le protocole de preuve d'enjeu Ouroboros de IOHK. L'actif numérique natif de Horizen, ZEN, peut être staké pour participer au système de nœuds du réseau, contribuant à la décentralisation du réseau.