Enzyme, anciennement connu sous le nom de Melon Protocol, a été initialement développé par l'entreprise privée Melonport. Après la dissolution de Melonport, le protocole a été transféré au Conseil Enzyme. Le protocole est sur le mainnet depuis février 2019 et a été le premier protocole DeFi à décentraliser sa gouvernance. Enzyme v2, un protocole entièrement réarchitecturé avec la modularité et l'extensibilité au cœur de sa conception, a été lancé sur le mainnet en janvier 2021. Le token Enzyme, MLN, est utilisé pour accéder au réseau MLN et inciter les développeurs à construire sur Enzyme.